총회
총회는 모든 정회원으로 구성되고 법인의 최고 의결기관으로 매년 초에 열린다. 임원선출 및 그 해 추진된 사업을 검토하고 다음해의 사업을 승인한다. 또한 총회는 회원들 사이의 친목을 다지는 자리이기도 하며 회원들이 원할 경우 임시총회가 열릴 수도 있다.

이사회
이사회는 법인의 이사장과 이사로 구성된다. 주요 업무는 사업계획의 운영, 예산 및 결산서의 작성, 회원의 가입과 제명, 고문, 연구위원 및 자문위원의 위촉과 해촉, 기타 중요한 사항을 심의, 의결하는 것이다.

운영위원회
운영위원회는 소장 1인과, 부소장 2인 그리고 각 국의 국장 및 각 연구실의 실장들로 구성된다. 운영위원회는 매달 1번씩 열리며, 연구소와 관련된 모든 일을 심의, 의결하는 역할을 수행한다.

교육국
교육국은 대중강연의 기획과 운영, 신입회원 세미나를 지원하는 역할을 담당하고 있다.

사무국
사무국은 회원관리, 재정관리, 회보출간 등의 제반 연구소의 운영을 총괄하며 연구회와 관련된 모든 실무적인 지원을 수행한다.

출판국
출판국은 [여성과사회], [페미니즘연구], [새여성학강의] 출판의 모든 사안을 담당한다.

학술국
학술국은 연구업무를 전담하며 산하에 가족, 노동, 문학, 여성사, 이론, 정책연구실을 둔다.

노동연구실
여성과 노동문제를 연구하는 공간이다. 연구소 창립 초기부터 활발하게 활동하였으며, 40여명의 회원들이 함께 토론하고 연구해왔다. 여성노동에 관한 교과서인 [여성과 일](2001)과 [여대생 직업의식 실태와 정책 과제](2000) 등 많은 연구성과물을 출간하였다. 특히 한국여성노동자회를 비롯한 여러 운동단체들과 연대하여 각종 사업을 함께 하였고, 운동단체 현장에서도 활동하면서 네트워크를 이뤄가고 있다. 최근에는 중앙정부와 지자체의 여성정책관이나 전문위원 등으로 활동영역을 넓혀가고 있다.

여성사연구실
여성사연구실은 페미니즘 입장에서 역사를 탐구하고 있다. 단순히 ‘여성도 거기에 있었다’는 인식을 뛰어넘어 젠더관계의 역사적, 사회적 맥락을 풀어낸다. 한국사와 서양사 전공자들이 모여 고고학에서 근현대사까지 다양한 시대를 연구하고 있으며, 1999년에는 국내 최초의 여성사 개론서인 [우리 여성의 역사](청년사)를 성과물로 내었다.

문학연구실
문학연구실은 국문학 전공자와 영문학 전공자로 구성되어 있으며, 현재 2개의 세미나를 진행하고 있다. 하나는 영문학 전공자들을 중심으로 한 이론 원서 강독 팀이고, 다른 하나는 국문학 전공자들을 중심으로 한 국문학 작품 및 이론서 강독 팀이다.
2002년에 이어 2003년에도 여성부 주최의 ‘양성평등 지원 프로그램’을 수행중이며, ‘여성의 몸’과 관련된 이론적 사유와 철학적 담론, 나아가 그것이 실제 문학이나 문화 속에서 어떻게 반영될 것인가에 대한 프로젝트를 진행 중이다. 2003년에는 ‘여성의 몸’이라는 주제를 더욱 발전시켜 모성과 관련된 논의를 확대하고자 한다.